با تکیه بر جامعیّت قرآن و ارتباط تفسیرى بین آیات آن و احاطه کامل عترت بر معارف قرآن، شیوه تفسیر قرآن به قرآن در سیره تفسیرى معصومان(ع) مورد مطالعه قرار گرفته است.
پیامبر به کنش تفسیر آیات قرآن به صورت متقابل اشاره داشت. در سخنان اهل‌بیت(ع) نیز براى تفسیر قرآن به قرآن چهار اصل مهم شناخته شده است که عبارتند از: جامعیت و مرجعیت قرآن، بهره‌گیرى دانش‌هاى جنبى قرآن، شناخت ظاهر و باطن قرآن و نگرش سیستمى به آیات قرآن و احاطه بر مجموعه معارف قرآن. مهم‌ترین محورهاى تفسیر قرآن به قرآن در مکتب اهل‌بیت(ع)؛ شرح مفاهیم قرآنى در پرتو آیات وحى، دسته‌بندى مفاهیم قرآنى با تکیه بر آیات قرآن، تعریف عناوین کلیدى، بیان سازگارى میان آیات به ظاهر ناسازگار، نفى تفسیرهاى ناروا با استفاده از تفسیر قرآن به قرآن، اجمال زدایى از چهره آیات به وسیله آیات شرح کننده، تکیه بر سیاق آیات، تفسیر متشابه با محکم، جداسازى آیات ناسخ و منسوخ، استفاده از کاربردهاى گوناگون واژه‌هاى قرآنى در تفسیر و نتیجه‌گیرى از دلالتها و اشارتهاى قرآنى است. در بیان تفسیر اهل‌بیت(ع) نوع نادرست تفسیر قرآن به قرآن نیز معرّفى شده و علت آن را ناآشنایى با علوم قرآن دانسته‌اند و نهى ائمه(ع) از دخالت افراد در کار تفسیر، مربوطه به کسانى است که ابزار و دانش لازم را ندارند.
)