محورهاى دین و تاریخ علم، دین و روشهاى علم و دین و نظریه‌هاى علم از نگاه علامه طباطبایى در تفسیر المیزان مورد بررسى قرار گرفته است.
تلاش براى زدودن ناسازگارى علم و دین از گذشته رواج داشته است. سنت‌گرایان معصومیّت انجیل را باور داشتند در مقابل، نوخواهان یا نواندیشان کتاب مقدس را بى‌ارزش مى‌دیدند. الهیات اعتدالى، کتاب مقدس را از آموزه‌هاى دینى برشمرد، هر چند آن را وحى مُنزل نمى‌خواند. علامه طباطبایى علم و دین را در تعارض واقعى نمى‌بیند و در موارد ناسازگار با تصرف لفظى و معنوى در آیات و قطعى ندانستن یافته‌هاى علمى، خود را به سنت‌گرایان نزدیک مى‌سازد. از سوى دیگر، سه جریان فلسفى و کلامى، سخت کیشى نوین یا نوارتدوکسى، اگزیستانسیالیسم و تحلیل زبانى جداانگارى علم و دین را مطرح ساختند. از آنجا که دین اسلام، مجموعه‌اى از گزاره‌هاى الهیاتى، علمى، عملى و تاریخى است و علم در تمامى این مجموعه‌ها تأثیرگذار است، علامه از علم در الهیات، احکام و به خصوص کشف فلسفه احکام، گزاره‌هاى علمى و تاریخى سود مى‌برد. او معتقد است دین نقش برجسته‌اى در روش‌شناسى علم داشته است. علامه دین اسلام را جامع همه نیازهاى دنیوى و اخروى انسان مى‌داند. حس و تجربه، عقل و اصول عقلى از روشهاى مهم علم شناخته مى‌شود. بسیارى از کارکردهاى اخلاقى و اجتماعى و مبادى اعتقادى دین نیز بر پایه عقل ساخته شده است. از سوى دیگر، وحى عمده‌ترین راه معرفت دین شناخته مى‌شود که کارآیى آن در تبیین متشابهات و گزاره‌هاى دینى رخ مى‌نماید.
)